红玉髓是含水石英的隐性晶体，它的颜色比较单一，一般不会出现清晰、明显的纹路，整体的透明度为半透明至全透明。而红玛瑙属于脱水二氧化硅的凝胶体，有非常明显的条带状纹路，色彩变化丰富有层次，透明度为不透明至微透明。
结构不同是红玉髓和红玛瑙的主要区别之一，两者的结构存在本质上的区别，红玉髓其实是含水石英的隐性晶体，而红玛瑙属于脱水二氧化硅的胶凝体。
此外红玉髓和红玛瑙的纹路也有所区别，红玉髓的颜色比较单一，一般不会出现清晰、明显的纹路。而红玛瑙有非常明显的条带状纹路，色彩变化丰富有层次。
从红玉髓和红玛瑙的透明度来看，红玉髓的透明度为半透明至全透明，而红玛瑙的透明度为不透明至微透明，因此红玉髓的透明度比红玛瑙好。
