天然玛瑙最常见的颜色有以下4种：1、蓝玛瑙，色泽深，透明度差，表面的纹路色彩鲜艳；2、红玛瑙，一般为淡黄色、橘黄色、褐黄色、浅黄色等颜色，色泽并不是很均匀；3、黄玛瑙，以淡黄色、橘黄色、褐黄色、浅黄色等颜色为主。
蓝玛瑙以淡蓝色为主，色泽相对于其他玛瑙来讲比较深，透明度也较差，有的蓝玛瑙甚至还有杂色，表面分布了一些带有其他色彩鲜艳的纹路。
红玛瑙是玛瑙的一种主色，一般红玛瑙呈褐红色、酱红色、黄红色等颜色，有些红玛瑙的颜色并不是很均匀，比如南红玛瑙，并且大多数红玛瑙表面都有红色的点。
黄玛瑙通常为淡黄色、橘黄色、褐黄色、浅黄色等颜色，有时候里面还会夹杂粉红色、淡红色、淡灰色等杂色，黄色与这些颜色结合在一起，会显得分为绚丽。
白玛瑙主要呈乳白色或浅灰色，常与无色透明状玛瑙构成同心纹状或条带状的纹路，中间还时常夹杂着石英夹层，整体看起来晶莹剔透，与玉髓较为相似。
