水胆玛瑙是成分复杂的地下岩浆在冲出地表后迅速冷却，溢出了大量含有二氧化硅的溶液，填充了岩石中的裂缝空洞，并包裹了空洞中的水分所造成的。水胆玛瑙中最为重要的，当属最中间的水胆，若是水胆受损，就会使水胆玛瑙直接报废。
水胆玛瑙在形成时，成分复杂的地下岩浆在地质作用的影响下冲破地表，受到温度和压力骤降，导致岩浆迅速冷却凝固，同时溢出大量含有二氧化硅的溶液，填充了岩石中的裂缝空洞。
之后，被填充了的岩石继续冷却，并且吸收了空洞中的水分，这时里面的二氧化硅热液将水分包裹了起来，形成了人们如今所见的水胆玛瑙，水胆玛瑙中的水胆指的是其中间的部分。
水胆玛瑙在选择时，首先就要确定里面究竟有无水分，才能用切割机对水胆玛瑙进行加工，因为人们在加工水胆玛瑙时，需要避开水胆，以免将水胆弄破，影响水胆玛瑙的价值。
