染色玛瑙的颜色浓艳均匀，看上去没有明显的层次感，天然玛瑙的颜色丰富自然，具有强烈的层次感。另外，染色玛瑙的表面有火劫纹，用放大镜观察才能看见，天然玛瑙的条带花纹明显，二者区别明显。
染色玛瑙的颜色浓艳均匀，没有颜色的过渡，没有色调的变化，看上去没有明显的层次感。而天然玛瑙的颜色是自然形成的，色彩丰富，过渡自然，具有强烈的层次感，显得很真实。
染色玛瑙通常是采用了加热的方法进行加热，因而其表面会留下火劫纹，形似一个个用指甲掐出来的指甲纹，用放大镜观察才会看见。天然玛瑙有着十分明显的条带花纹，二者分别明显。
染色玛瑙的光泽看起来十分明亮，呈玻璃光泽。而天然玛瑙的光泽较为柔和透亮，带有胶质感，呈蜡状光泽或油脂光泽，且天然玛瑙的色泽艳丽明快，比较自然。
