玉髓和玛瑙在纹路、内部结构和形状上的区别较大。玉髓的纹路没有玛瑙明显，是含水石英的隐形晶体，多以肾状、葡萄状、鈡乳状等出现，玛瑙则是不含水的二氧化硅的胶凝体，多以条带状、树枝状、同心环状和云雾状出现。
玛瑙
玉髓和玛瑙，虽然组成矿物相同外表相似，经常让让人混淆。但是，从两者表面的纹路可以看出区别。每块玉水的颜色比较单一，少有颜色混杂，即使两种颜色混杂在一起，分割线也不明显，所以不会出现明显的带状纹路，而玛瑙的带状纹路非常明显，让人一眼可以看出区别。
玉髓的内部结构与水晶十分相似，同属含水石英的隐形晶体，玛瑙则是不含水的二氧化硅的胶凝体，两者在内部结构上的区别，是比较大的。质地不同的玉髓和玛瑙，呈现出来的光泽也是不一样的，玉石的光泽不仅有玻璃色还有油脂感，而玛瑙只有玻璃光泽，通透性也比玉髓差。
玛瑙
玉髓多以乳房状和钟乳状产出，是隐形晶体的结合体，内部含有很多肉眼看不到的分子，质地细腻，呈肾状、葡萄状、鈡乳状等形状出现。玛瑙里常混有蛋白石和隐晶质石英，它们以纹带状块体出现在玛瑙的内部，颜色混杂不一，呈条带状、树枝状、同心环状和云雾状出现。
