南红玛瑙隐晶质结构是在显微镜下所显示出来的矿物颗粒结构，大自然将结晶形态分为全晶质结构、玻璃质结构和半晶质结构，在放大镜下能看清矿物结晶颗粒的被称为显晶质，无法分辨矿物颗粒的被称为隐晶质，而南红玛瑙显然属于后者。
南红玛瑙隐晶质结构，指的是其在显微镜下所显示出来的矿物颗粒结构，一般只出现在浅成岩和喷出岩当中，属于全晶质结构中的一种，不同于显晶质。
其中，南红玛瑙的隐晶质结构是指岩石中结晶质部分和非晶质部分之间的比例，大自然的结晶形态一般分为三级，分别是全晶质结构、玻璃质结构和半晶质结构。
在矿物学上，能够在放大镜下看清其矿物结晶颗粒的，被称为显晶质，在放大镜下无法分辨其矿物颗粒的，被称为隐晶质。显然，南红玛瑙属于后者。
