辨别碧玺和水晶可以看颜色，碧玺没有水晶的紫色，而水晶没有碧玺的红色和绿色。也可检测折射率，碧玺的折射率在1.624～1.644之间，水晶的在1.544～1.553之间。从质地来看，天然碧玺内部会存在杂质，而水晶的质地纯净。
辨别碧玺、水晶的真假可以看颜色，碧玺没有水晶的紫色，只有紫红色。而水晶没有碧玺一样的红色和绿色，比较常见的水晶颜色为紫色。
此外也可以通过检测折射率来辨别碧玺和水晶真假，碧玺的折射率在1.624～1.644之间，而水晶的折射率在1.544～1.553之间。
碧玺和水晶的真假还可以通过看质地来辨别，天然碧玺晶体的内部多少会存在一些棉裂、包裹体等杂质，而水晶的普遍比较纯净，整体的杂质相对较少。
