上图，蓝宝石裸石（从左到右）：6.36 克拉粉色/橙色（帕帕拉恰）、1.63 克拉粉色、4.76 克拉紫罗兰色、5.43 克拉紫罗兰紫色、3.03 克拉蓝色、2.12 克拉蓝色、8.06 克拉黄色、3.46 克拉黄色、2.00 克拉橙色、和 1.01 克拉深橙色。
蓝宝石原石（从左到右）：9.88 克拉粉红色、17.80 克拉紫色、30.07 克拉紫色、42.13 克拉蓝色、10.84 克拉黄色和 5.86 克拉黄橙色。
天然的蓝宝石和红宝石内部都会带有一些不同的包裹体。这些包裹体不仅可以通过检测识别该宝石的产地来源，还可以识别到该宝石的一些处理方式 ，包括热处理或者其它处理方式。
天然的宝石都会有带包裹体，虽然有肉眼干净，打灯干净的说法，但是用倍镜下仔细观察，宝石内部会有不同的包裹体。在评估净度时，专家会考虑内含物的大小、数量、位置和整体可见度来进行评定。
不同产地会有不同的包裹体，以下是产地来自斯里兰卡的蓝宝石包裹体：
在宝石中会呈现带状或角状的颜色分区。在晶体形成过程中，这种自然发生的色域在原石中非常的常见。蓝宝石的切割可以大大减少或增强这种内含物。
通常色带会比较影响这颗宝石和价值，比如色带不均匀，分层。会导致宝石看上去有一区域特别暗或者在某个角度看可能会颜色缺失。
这些是细小的内含物，外观类似于羽毛一样纤细。它们通常呈白色，如果它们足够大，会影响石头的结构完整性。羽毛通常是蓝宝石中微小的细裂纹，通常对宝石的外观影响很小。
这些是类似于人类指纹的微小液体填充。当蓝宝石重结晶以部分修复断裂带时，会形成指纹内含物。这些类型的内含物在蓝宝石中相当常见，但由于它们很小，不太可能对蓝宝石的质量产生负面影响。
二次愈合裂隙是指在宝石形成过程中，当它们裂开后重新愈合。这种愈合过程可能涉及到一些液态或气态物质的存在，这些物质会填充在裂隙中并逐渐形成了内含物。在蓝宝石中，二氧化碳是最常见的内含物之一，它们通常以液态形式存在于裂隙中。可以观察这种态包裹体，从而观察蓝宝石是否有进行过热处理，热处理后的蓝宝石中的流体包裹体通常会呈现爆裂态。
下图中显示了带有气泡的液态二氧化碳（黄色区域）。当显微镜的热量使样品变暖时，气泡会收缩并最终消失。相变的临界温度为 31.2°C。
丝绸是一种蓝宝石内含物，它由细小的金红石针状物组成。这些针状物呈现出石头上的条纹状，因此被称为针。适量的丝绸可以使蓝宝石呈现丝绸状的透明度，同时也是星光蓝宝石中星光的来源之一。
然而，并非所有的蓝宝石都含有丝绸，丝绸是一个可能增加蓝宝石价值的内含物的例子。适量的高反射性金红石针状物可以在切工蓝宝石内散射光线，有助于照亮宝石的较暗面并增强其亮度。因此，具有适量丝绸的蓝宝石通常会被认为是更有价值的宝石。
这些是从宝石表面延伸到其内部的空隙或孔洞。许多蓝宝石被进行空腔填充处理以修复此类内含物。这种处理方法通常涉及将颜色的玻璃注入空腔以填充裂缝和裂纹。
