黑曜石的主要成分是二氧化硅，不属于结晶类宝石，它可以呈现出玻璃光泽，硬度为5.2～6.2。而黑玛瑙虽然主要成分也是二氧化硅，但晶体结构为隐晶质结构，并且黑玛瑙可以呈现出油脂光泽和玻璃光泽，硬度为7。
结构不同是黑玛瑙和黑曜石的主要区别之一。黑曜石的主要成分是二氧化硅，它不属于结晶类的宝石。而黑玛瑙的主要成分虽然也是二氧化硅，但是黑玛瑙的晶体结构为隐晶质结构，属于结晶类宝石之一。
色泽不同也是黑玛瑙和黑曜石的主要区别之一。黑玛瑙可以呈现出玻璃光泽和油脂光泽，其表面的色泽图案色泽艳丽、明快。而黑曜石仅仅会呈现出玻璃光泽，并且表面会有天然的条纹和斑点。
黑玛瑙和黑曜石主要区别还在于硬度不同。黑玛瑙的硬度为7，而黑曜石的硬度为5.2～6.2。因此用黑玛瑙在黑曜石的表面划弄时，黑曜石表面会很容易被划弄出痕迹，而黑曜石则破坏不了黑玛瑙。
